Dans chaque quartier il est formé une compagnie nommée « Pennonage » parce qu'elle possède un drapeau semblable au « Pennon », le drapeau réservé primitivement aux chevaliers, drapeau de forme rectangulaire, terminé en longue queue. Au XIVème siècle, il est fait mention de 7 bannières : 3 sur la rive droite de la Saône (côté du royaume), 4 autres sur la rive gauche (côté de l'Empire) ; Elles portent soit le nom d'un quartier soit le nom du chef.(les bannières sont subdivisées en Pennons).

En 1465, il n'y a plus que 2 bannières ; elles sont encore mentionnées en 1507. Durant le XVIème siècle, d'importants changements sont faits. La milice n'a pas réalisé l'espoir que le Consulat avait fondé sur elle. Les miliciens demeurent malgré les punitions et les admonestations, inexacts et indisciplinés ; insuffisants pour assurer l'ordre dans la ville et la sécurité aux habitants. Un officier spécial a pour fonctions de transmettre les ordres du Consulat aux capitaines des Pennonages, et de visiter les postes de garde, afin de s'assurer de l'exactitude des miliciens.

Comme on l'a déjà noté, le nombre des Pennonages est en 1528 de 35, les seuls insignes qui différencient les compagnies sont les plumets et cocardes de couleurs variées.

En 1609, les capitaines pennons ont reçu directement du Gouvernement, le tableau des postes de garde ; et en 1627, un ordre de sortie. En 1670, création d'une compagnie (de Suisses !) formée pour soutenir les Pennonages dans le maintient de l'ordre. Les prétentions des officiers ont donné lieu à de longs débats et à des conflits dans lesquels ont voit intervenir les capitaines pennons, protestant contre tout assujettissement au capitaine de ville, simple officier salarié.

En dehors de ces conflits, en somme peut intéressants, l'histoire des Pennonages durant le XVIIème siècle, ne mentionne aucune modification dans l'organisation de la milice et se borne à signaler les variations dans le nombre de quartiers de la ville : il y a 36 quartiers en 1620, 35 en 1622 et 37 en 1678 !